Đến nay các nhà sử học vẫn chưa tìm ra niên đại chính xác của chùa. Theo sư trụ trì thì chùa Bút Tháp ra đời cách đây 2.000 năm nhưng theo Địa chí Hà Bắc (1982) thì chùa có từ đời vua Trần Thánh Tông (1258 - 1278). Thiền sư Huyền Quang, vị Quốc sư trẻ nhất thời Trần, trụ trì ở đây. Ông cho dựng ngọn tháp đá cao 9 tầng có trang trí hình hoa sen. 

Chùa Bút Tháp -  một danh thắng ở xã Đình Tổ, huyện Thuận Thành, tỉnh Bắc Ninh.

Chùa Bút Tháp (tên chữ là “Ninh Phúc Thiền tự”), là một trong những quần thể kiến trúc bằng gỗ và đá hoàn chỉnh và còn nguyên vẹn nhất Việt Nam hiện nay. Toàn bộ kiến trúc chính của chùa quay theo hướng Nam mà theo đạo Phật, đây là hướng của trí tuệ, của bát nhã.

Được xây dựng theo kiểu "Nội công ngoại quốc", chùa Bút Tháp có: Tam quan, gác chuông hai tầng 8 mái, tòa thiêu hương, Thượng điện, cầu đá, tòa Cửu phẩm Liên hoa (Tích thiện am), nhà chung, phủ thờ và Hậu đường. Tất cả gồm 10 tòa nhà, nằm trên một trục dài hơn 100m. 

Ngoài ra, bên trái chùa là nhà tổ và tháp Báo Nghiêm. Lùi về phía sau có tháp Tôn Đức cao 10 m, nơi đặt xá lợi Thiền sư Minh Hạnh, vị tổ thứ hai của chùa.

Tháp Bảo Nghiêm - biểu tượng của ngành du lịch tỉnh Bắc Ninh.

Nghệ thuật điêu khắc trên gỗ và trên đá ở đây đạt đến trình độ tinh xảo. Nơi đây lưu giữ nhiều tác phẩm điêu khắc gỗ với kỹ thuật chạm thủng rất hiếm có như bàn thờ hương án, các tấm gỗ chạm trổ hình rồng phượng trên xà nhà thiêu hương ... Xung quanh tòa thượng điện có hàng lan can đá gồm 26 bức phù điêu chạm trổ tinh vi những cảnh đẹp của thiên nhiên đất nước với hình ảnh cò bay trên đầm sen, cá lội, trẻ chăn trâu…

Chùa Bút Tháp bảo tồn và lưu giữ nhiều bảo vật như: tượng Tuyết Sơn, tượng Bồ tát Văn Thù, Bồ tát Phổ Hiền… và kiệt tác Quan Âm Thiên thủ Thiên. Tượng cao 3,7 m bằng gỗ phủ sơn, tạc năm 1656, có 11 khuôn mặt, 994 tay với 994 con mắt nằm trong lòng mỗi bàn tay. Trên đỉnh tượng là một đôi chim thần đầu người xòe cánh rộng áp vào nhau. Tượng đặt trên tòa sen, do một con rồng vươn lên mặt nước đội đỡ.

Từ thượng điện, một chiếc cầu đá có ba nhịp uốn cong dẫn đến ngôi nhà gọi là Tích thiệm am (chứa điều lành). Trên cầu có 12 bức phù điêu đá chạm khắc hình chim muông hoa lá. Tích thiện am là một nhà có ba tầng, có mái vòm mềm mại và vững chãi. Trong Tích thiện am, có cây Cửu Phẩm Liên Hoa - Hoa sen chín tầng, là một tháp bằng gỗ cao 9 tầng như 9 đài sen, 8 mặt đều đặn thể hiện 8 phương của nhà Phật. Chín đài sen tượng trưng cho 9 cấp tu hành chính quả của Phật giáo. 

Điều đặc biệt là nó có thể quay được và không hề phát ra tiếng kêu dù được làm từ mấy thế kỷ, mỗi vòng quay của tháp ứng với 3.542.400 câu niệm phật…

Với những giá trị độc đáo còn nguyên vẹn, chùa Bút Tháp không chỉ là nơi để khách thập phương về hành hương, lễ Phật mà còn là điểm du lịch hấp dẫn. Đến Bút Tháp và bắt đầu từ Bút Tháp, du khách có thể mở đầu một chuyến tham quan, du lịch kỳ thú trên miền đất Kinh Bắc cổ xưa với thành cổ Luy Lâu, Chùa Dâu - đất Phật, Lăng Kinh Dương Vương, xa hơn chút nữa là làng tranh Đông Hồ đượm hồn dân tộc.